Это разные вещи, и если ты не понимаешь, что к чему, то сначала разберись, а потом уже начинай спрашивать и рассуждать по этим вопросам.
Flowgraph - инструмент визуального программирования для организации внутриигровой локики. Т.е. миссии, поведение ИИ, интерактивность на уровнях. Можно и кое-что сложное, но только в качестве прототипа, или только в том случае, если иное невозможно реализовать иными средствами. Флоуграф это уровень абстракции в CryEngine, и этот уровень абстракции взаимодействует с остальным движком через тот же С++.
С++ - язык программирования, на котором и написан (практически) весь игровой движок CryEngine. Посредством С++ можно напрямую, без уровней абстракции, изменять игровую механику, взаимодействовать со всеми системами, и вообще писать движок кодом с помощью рук.