У меня давно есть идея написать скрипт исправляющий геометрию для экспортера.
Что касается вершин с одинаковыми координатми, то тут я тоже против Vertex Weld(да и вообще модификаторов в целом) и могу предложить свой вариант решения проблемы:
проходимся по вершинам объекта, находим с одинаковыми координатами, и "раздвигаем" путем прибавления минимального значения для координаты (прим. - 0,0000000001), таким образом мы не теряем информации в объекте как при использовании различных модификаторов типа Vertex Weld, Optimize, ProOptimizer и т.д. Экспортер с радостью примет такой объект, и все будут рады.
Это пока в теории, есть и другие ошибки которые надо будет разобрать и найти максимально верное решение не теряющее какую-либо информацию о объекте. Как будет время займусь этим.
А пока могу предложить VertexWeld и еще один модификатор - ProOmtimizer. Его достаточно применить со стандартными параметрами(он как раз таки работает с вершинами), в большинстве случаев объект пройдет по экспорту, если нет то постепенно уменьшать параметр Vertex %.